История Городского центра репродукции человека берет свое начало в 1987 году. На тот момент Центр находился в статусе консультативной поликлиники и носил название «Медико-социальная помощь семье». Данное медицинское учреждение было создано приказом Отдела здравоохранения исполкома Алматинского городского совета народных депутатов г. Алматы. С открытием поликлиники у пациентов появилась уникальная возможность пройти исследования на наличие наследственных заболеваний в медико-генетической консультации и получить квалифицированную консультативную помощь специалистов в отделении «Брак и семья».
С 1988 года поликлиника «Медико-социальная помощь семье» принимает непосредственное участие в организации обследования детей на фенилкетонурию (ФКУ); медико-генетического консультирования семей выявленных больных; выездных семинаров для главных врачей родильных домов и детских учреждений, старших акушерок и клинических лаборантов; питания больных с ФКУ. Это позволило поликлинике добиться положительных результатов в выявляемости заболеваний и в повышении профессионального уровня старшего и среднего медперсонала.
Таким образом, было положено начало организации Городского центра по проведению мониторинга массового скрининга новорожденных на фенилкетонурию в городе Алматы на базе консультативной поликлиники «Медико-социальная помощь семье».
В 1991 году приказом Управления здравоохранения г.Алматы поликлинике «Медико-социальная помощь семье» был передан стационар бывшей Городской больницы №3 на 100 коек.
Также в поликлинике была внедрена система пренатальной диспансеризации, создана комиссия для решения вопроса о прерывании беременности или передачи для дальнейшей пренатальной диспансеризации в женские консультации в каждом конкретном случае. Это позволило своевременно оказывать помощь новорожденным с диагностированными врожденными пороками развития в пренатальном периоде.
Поликлиника «Медико-социальная помощь семье» в 1993 году была переименована в «Городской центр репродукции человека» (ГЦРЧ), и с этого периода приказом начальника Управления здравоохранения г. Алматы центр взял на себя организационно-методическое руководство кабинетами планирования семьи города.
В 1995 году на базе ГЦРЧ была открыта лаборатория экстракорпорального оплодотворения. В 1996 году в Казахстане по программе ЭКО родился первый ребенок. В 1997 году лаборатория была передислоцирована в другую медорганизацию
На сегодняшний день Городской центр репродукции человека является уникальным учреждением, в котором получают консультативную помощь и лечение пациенты с нарушением репродуктивной функции, дети и подростки с гинекологическими и урологическими проблемами. Кроме этого Центр оказывает медико-социальную помощь детям и подросткам.
В ГЦРЧ проводятся инвазивные методы обследования (биопсия хориона, плацентоцентез, амниоцентез, кордоцентез), гормональные и цитогенетические исследования, кариотипирование. Центр также обладает возможностями проведения пренатальной диагностики врожденных пороков развития и наследственных заболеваний.
Пациенты с гинекологическими заболеваниями в стенах Городского центра репродукции человека могут получить полный объем медицинской помощи. Для этого в Центре созданы все условия, в частности оказание стационарной помощи, в том числе подросткам, начиная от консервативного лечения до проведения больших объемных операций по поводу заболеваний половой сферы с применением новейших технологий диагностики и лечения. Специалисты Центра успешно проводят сложнейшие гинекологические операции, минимизируя процент осложнений. С 2003 года стационар Центра оснащен эндоскопическим комплексом (лапароскоп и гистероскоп).
В Городском центре репродукции человека работают высококвалифицированные специалисты, прошедшие стажировку в передовых клиниках Республики Казахстан, России, Украины, Белоруссии, Израиля и Кореи. За помощью в Центр, оснащенный самой современной аппаратурой, обращаются пациенты со всего Казахстана. Большое внимание в Городском центре репродукции человека уделяется внедрению новых технологий, что позволяет не только провести информативное обследование, но и эффективное лечение пациентов.
С 2010 года Центром успешно выполняется скрининговая программа по выявлению врожденных пороков развития плода и наследственных заболеваний, что позволило значительно снизить младенческую смертность. В 2015 году приказом Управления Здравоохранения города Алматы на базе Городского центра репродукции человека был создан единый центр пренатального скрининга.